В начале скрипта:
### BEGIN INIT INFO
# Provides: defaultdaemon
# Required-Start: $remote_fs $syslog
# Required-Stop: $remote_fs $syslog
# Default-Start: 2 3 4 5
# Default-Stop: 0 1 6
# Short-Description: Start daemon at boot time
# Description: Enable service provided by daemon.
### END INIT INFO
Добавление скрипта в автозагрузку
update-rc.d имя defaults
Удаление скрипта из автозагрузки
update-rc.d -f имя remove